Em um mundo onde a Alquimia é possível e utilizada com freqüência, vivem dois irmãos, Alphonse e Edward, filhos de um renomado alquimista. Deixados pelo pai quando ainda pequenos, os dois irmãos cuidavam de sua mãe, que veio a falecer. Levados pela inocência e falta de conhecimento, ambos entraram em um campo proibido: Alquimia Humana. No acidente que se seguiu, Alphonse perdeu o próprio corpo e, levado pelo pânico, Edward prendeu a alma de seu irmão a uma armadura, após perder um braço e uma perna. Agora, os irmãos precisam encontrar um amplificador para que possam retornar aos corpos normais.