Gon é um jovem garoto que vivia na Ilha de Kujira, sendo criado pela tia, uma vez que seus pais faleceram em um acidente. Porém, ao conhecer um Caçador chamado Kaito, descobre que seu pai, Jin, ainda está vivo e que é um Caçador renomado. Determinado a encontrar seu pai, Gon parte para se tornar um Caçador em um mundo onde sua função é manter o mundo em ordem. Em sua jornada, Gon conhece outros candidatos à licença de Caçador: Killua, um ex-assassino, Kurapika, o único sobrevivente de uma tribo, e Leorio.